Trên cơ sở Thông tư số 2.795/HCTP ngày 12/12/1956 của Liên Bộ Tư pháp và Y tế hướng dẫn về giám định pháp y, Hội đồng Giám định Pháp y tỉnh Khánh Hoà được Uỷ ban nhân dân tỉnh Khánh Hoà thành lập tại Quyết định số 161/UB ngày 07/8/1989.

Căn cứ Nghị định số 117-HĐBT ngày 21/7/1988 của Hội đồng Bộ trưởng về giám định tư pháp và Thông tư số 78-TT ngày 26/01/1989 của Bộ Tư pháp hướng dẫn thực hiện, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa ban hành Quyết định số 194/UB ngày 05/02/1991 về việc đổi tên “Hội đồng giám định pháp y” gọi là “Tổ chức giám định pháp y tỉnh Khánh Hòa”.

Thực hiện Pháp lệnh Giám định tư pháp số 24/2004/PL-UBTVQH11 ngày 29/9/2004 của Uỷ ban Thường vụ Quốc Hội và Nghị định số 67/2005/NĐ-CP ngày 19/5/2005 của Chính phủ về việc quy định chi tiết thi hành một số điều của Pháp lệnh Giám định tư pháp, ngày 25/01/2006 Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hoà ban hành Quyết định số 149/QĐ-UBND thành lập Trung tâm Pháp y trực thuộc Sở Y tế tỉnh Khánh Hòa, trên cơ sở tổ chức lại Tổ chức Giám định pháp y tỉnh Khánh Hòa đã được thành lập theo Quyết định số 194/UB ngày 05/02/1991 của UBND tỉnh Khánh Hòa.

Thực hiện Luật Giám định tư pháp và các văn bản hướng dẫn thi hành, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa ban hành Quyết định số 1736/QĐ-UBND ngày 17/6/2016 kiện toàn tổ chức Trung tâm Pháp y tỉnh Khánh Hòa và Quyết định số 1405/QĐ-UBND ngày 29/5/2024 về việc sắp xếp cơ cấu tổ chức của Trung tâm Pháp y tỉnh Khánh Hòa trực thuộc Sở Y tế.